La pharmacologie est une des disciplines phare des études de pharmacie. En effet, elle étudie les molécules capables de produire un effet sur les organismes vivants, dont les médicaments, et les intéractions molécule-organsime. Elle regroupe de nombreuses branches : pharmacocinétique (qui étudie le cheminement d'une molécule bioactive dans l'organisme, de son absorption à son excrétion en passant par son métabolisme),la pharmacodynamie (qui étudie comment une molécule produit un effet sur un organisme), la pharmacogénétique (qui étudie l'influence des gènes sur l'action des médicaments sur l'organisme), la toxicologie (qui s'intéresse spécifiquement aux molécules ayant un effet nocif sur un organisme), la pharmacoépidémiologie et la pharmacovigilance.
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